京都大学1869年建立，1897年开设大学教育的日本国立大学。大学的简称为“京大”。初建时整个大学只有一个理工科分科大学，共有6个专业21个讲座，学生不到500人，木下广次为首任校长。数年之后，又增设了法科、医科、文科等3所分科大学，这时全校已有5个分科大学。4年后新的大学令颁布，分科大学改名为学部。法学部原有的法律学和经济学分家，同时上升为学部。经过数年的努力，农学部和一些研究机构相继成立，学校规模有了很大的发展，学生人数成倍增加，京都第三高中并入后，以此为基础成立了人文学部，后发展成为今天的教养学部。战后，按照新的教育法，全部实行新制，削去帝国大学中的“帝国”二字，清除军国主义对京都大学的破坏和影响，包括实行男女共学，清理教师队伍，废除一些不合时宜的讲座，增设教育学部、药学部和一些研究所，研究生的教育得到了长足发展，对外开放门户。这样，就成了在日本仅次于东京大学的学科齐全、规模宏大的国立综合大学。

学部设置 京都大学现共有10个学部，各学部所属系科及附属设施有文学部，含文学、史学、哲学及人际学4系，共51个讲座，并设有文学博物馆、中亚研究所等；教育学部，含教育学、社会学、心理学3系共14个讲座；法学部，仅有法律学一个系含公法、民刑法、基础法学及政治学4科共39个讲座，附属图书馆中设国际政治法律文献中心；经济学部，含经济学、经营学2系共11个讲座；理学部，为京都大学最大的学部之一，几乎包括自然科学各个领域，即有数、理、化、生、宇宙、地球科学等9个系共70个讲座，各系既相互独立又相互交叉，设施有两个天文台，8个火山、地震、气候、天体学等方面的观测所，4个海洋实验所，一个植物园等；医学部，含有基础和临床两大分部的若干系科共有39个讲座，附属机构有校医院，脑神经研究、免疫学研究设施，人体先天异常标本中心，综合解剖中心，动物实验设施等。工学部，是京都大学最庞大的学部，含24个系168个讲座，研究领域涉及土木建筑、化工、机械、交通、电气、冶金http://mx.533.com、航空、自动化、原子能、情报工程等，附属机构有离子工程，自动化研究所、环境微量污染防治、重质炭资源转换等工程研究设施；药学部，含药学、制药化学两系共13个讲座，附设药用植物园；农学部，含10个系53个讲座，并有附属农场、林场、牧场、及供农学研究、亚热带作物、水产、细胞培养、农业会计等方面进行研究的设施等。 京都大学自古以来就有独立自主办学的优良传统，建校初始，当时的文部大臣和京都大学的首任校长木下广次就强调京都大学一定要办出自己的特色。要“比东大更尊重学生的独立自主精神”。1913年，抗议校长独断专行的“柳泽事件”，导致了校长选举制度的产生；1928年，法学部泷川教授被解雇引起全校沸腾，抗议军国主义践踏民主和对爱国教师的迫害。为了探求真理就要争取自由研究的权利，同样也只有有了这种权利才能保证自由学风的实行。有的京大学生说：“在这里学习有种自由感，校方在学习和生活上从不施加过多的压力，有志者致学，无志者尽兴，各听其便，互不干扰。”因此，日本国内就有一种流行的说法：“想读书就去京大。” 京都大学风景这种学风体现在教学上就是弹性的管理原则，全校实行选课制，这个制度是法学部在20年前创设的。据此学生可以打破学年的界限，只要取得规定的学分就可以毕业，且取得学分不一定要经过考试，撰写论文报告亦可取得学分。以理学部为例，在两年的专业课程的学习中，由学生自己选择最适合的专业基础课程组合学习，然后再确定重点专业方向。专业基础课程组合分为数学类、物理类、化学类、生物类四大块，由学生任选一块。两年专业课程组合分下列四种类型搭配：自然科学展望、共同基础学科、专业基础、专业课。对外来的留学生、本科生实行自由转学和互换学分的制度。